Títulos(s):

• Doctor en Biología (University of Amsterdam)
• Investigador por México CONACyT
• Invstigador Nacional Nivel 1 (SNI)

Biografía:

Mi interés por la Ecología Microbiana comenzó durante mi doctorado en la Unversidad de Ámsterdam, Países Bajos, donde estudié las respuestas de una cianobacteria modelo ante diferentes estímulos ambientales utilizando microarreglos  (una tecnología ya superada para medir expresión de genes a nivel genómico), bajo la supervisión de Hans Matthijs, Bas Ibelings y Jef Huisman.

Realicé dos estancias posdoctorales en la UNAM. Durante la primera, estudié las interacciones antagonistas entre gamma-proteobacterias acuáticas de una poza en un oasis, en Cuatro Ciénegas, Cohahuila, bajo la tutoría de Valeria Souza y Gloria Soberón. En mi segundo posdoc, trabajé con un grupo de físicos liderados por Alejandro Frank, para estudiar cómo las interacciones antagonistas promueven la biodiversidad, usando modelos basados en agentes.

Trabajé dos años como investigador en el Instituto de Ecología (INECOL), estudiando los microbiomaas del aguacate, en un proyecto más amplio enfocado a combatir dos plagas de insectos. Como parte de mi estancia en el INECOL, contribuí al establecimiento de un nuevo complejo de laboratorios y a establecer nuevas líneas de investigación.

Desde 2016, trabajo en el Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo (CIAD), en la Unidad Regional Hidalgo, como Investigador por México (antes Cátedras CONACyT).

Grados Académicos:

Doctorado en Biología, Universidad de Ámsterdam, 2011

Investigación:

Mi investigación actual se enfoca en la ecología microbiana de agroecosistemas, para entender cómo están estructuradas sus comunidades microbianas y cómo interactúan con las plantas, principalmente en milpas tradicionales de México, trabajando en cercanía con los agricultores locales.

Muchos de mis proyectos involucran metagenómica y análisis de microbiomas. Actualmente, mis proyectos activos incluyen el estudio de la contribución potencial de microorganismos a la resistencia al estrés por sequía y las interacciones in los microbiomas de árboles frutales. Recientemente, obtuve financiamiento de una fundación sueca (Ekhagastiftelsen), para estudiar la posibilidad de mejorar la microbiota de suelos de milpas. Mediante estas investigaciones, busco contribuir al desarrollo de estrategias para el manejo de comunidades microbianas asociadas a las plantas, lo que podría proveer alternativas a los agroquímicos en el futuro.

En el futuro cercano, me interesaría aplicar los avances recientes en inteligencia artificial para la predicción de la estructura de proteínas a la ecología microbiana. En particular, me interesa explorar los genes presentes en Genomas Ensamblados de Metagenomas (MAGs) de cepas abundantes, aún no cultivadas, para intentar incrementar nuestro conocimiento de sus potenciales metabólicos.

Publicaciones Seleccionadas:

• Aguirre-von-Wobeser E. 2021. Type II photosynthetic reaction center genes of avocado (Persea americana Mill.) bark microbial communities are dominated by aerobic anoxygenic Alphaproteobacteria. Current Microbiology 78: 2623–2630.
• Aguirre-von-Wobeser E, Alonso-Sanchez A, Mendez-Bravo A, Espino LAV, Reverchon F. 2020. Barks from avocado trees of different geographic locations have consistent microbial communities. Archives of Microbiology 203:4593-4607.
• Aguirre-von-Wobeser E, Rocha-Estrada J, Shapiro LR, de la Torre M. 2018. Enrichment of Verrucomicrobia, Actinobacteria and Burkholderiales drives selection of bacterial community from soil by maize roots in a traditional milpa agroecosystem. PloS One 13:e0208852.
• Aguirre-Von-Wobeser E, Eguiarte LE, Souza V, Soberón-Chávez G. 2015. Theoretical analysis of the cost of antagonistic activity for aquatic bacteria in oligotrophic environments. Frontiers in Microbiology 6:490.
• Aguirre-von-Wobeser E, Soberón-Chávez G, Eguiarte L, Ponce-Soto GY, Vázquez-Rosas-Landa M, Souza V. 2014. Two-role model of an interaction network of free-living gamma-proteobacteria from an oligotrophic environment. Environmental Microbiology 16:1366-1377.