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Existen aproximadamente 24 áreas naturales protegidas, en las categorías de Reserva de la Biosfera, Areas Protegidas para la Flora y la Fauna, y Parques Nacionales a lo largo de México en donde las nutrias de río se distribuyen (Tabla 1). La implementación de nuevas áreas protegidas, cuya intención es la de proteger bosques y selvas lluviosas en la punta de las sierras para proteger las fuentes de agua dulce y hábitats riparios, ambos tanto para la ecología como para el uso sustentable de los recursos. El problema es que esta política de conservación va a crear "islas", las que en ocasiones se encuentran muy lejanas unas de las otras, por lo que ejercen presión sobre la población de las nutrias. Se ha demostrado por Gallo (1989) que el flujo génico de la población se dá en las zonas altas en donde las cuencas de los grandes ríos se acercan lo suficiente en los parteaguas como para que la fracción en dispersión de la especie (por ejemplo los machos jóvenes) cambie de río. Este flujo va a ser cortado en muchos lugares y será preservado en algunos otros.

Tabla 1. Areas protegidas de México en las cuales se ha encontrado la presencia de nutrias, y aquellas con alta Probabilidad de estar ocupadas por nutrias.

Reserva Categoría* Estado Especie de nutria
Vizcaíno RB Baja California Sur Enhydra lutris
Laguna de Términos APFF Campeche Lontra longicaudis annectens
Calakmul RB Campeche Lontra longicaudis annectens
Cascada de Agua Azul APFF Chiapas Lontra longicaudis annectens
Lacan-Tún RB Chiapas Lontra longicaudis annectens
La Encrucijada RB Chiapas Lontra longicaudis annectens
La Lacandona RB Chiapas Lontra longicaudis annectens
Montes Azules RB Chiapas Lontra longicaudis annectens
El Triunfo RB Chiapas Lontra longicaudis annectens
Barranca del Cobre y Río Urique PN Chihuahua Lontra longicaudis annectens
Basasiachi PN Chihuahua Lontra longicaudis annectens
Cañón de Santa Elena APFF Chihuahua Lontra canadensis lataxina
Maderas del Carmen APFF Coahuila Lontra canadensis lataxina
La Michilía RB Durango Lontra longicaudis annectens
Manantlán RB Jalisco - Colima Lontra longicaudis annectens
Chamela - Cuitzmala RB Jalisco Lontra longicaudis annectens
Lagunas de Chacahua RB Oaxaca Lontra longicaudis annectens
Sierra Gorda RB Querétaro Lontra longicaudis annectens
Sian ka'an RB Quintana Roo Lontra longicaudis annectens
Pantanos de Centla RB Tabasco Lontra longicaudis annectens
Sierra de los Ajos y Río Bavispe RB Sonora Lontra longicaudis annectens
Sierra de Alamos y Río Cuchujaqui RB Sonora Lontra longicaudis annectens
Los Tuxtlas RB Veracruz Lontra longicaudis annectens
Ría Celestún RB Yucatán Lontra longicaudis annectens
Alto Golfo de California y Delta del Río Colorado** RB Sonora - Baja California Lontra canadensis sonorae
 *RB  Reserva de la Biosfera.
 APFF  Área Protegida para la Flora y la Fauna.
 PN  Parque Nacional.
 **  Esta población por lo pronto está extinta, pero con buen manejo del agua y con aportes significativos a futuro podría volver a distribuirse en la zona.
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