El Centro cuenta con los siguientes Órganos para su funcionamiento:

• La Asamblea General;
• El Consejo Directivo;
• Dirección General;
• Comité Externo de Evaluación;
• Órgano de Vigilancia; y
• Otros que determinen la Asamblea General y el Consejo Directivo conforme a sus facultades

La Asamblea General es el Órgano Supremo de la Asociación y el Consejo Directivo su Órgano de Gobierno.

La Asamblea General de Asociados está integrada por:

• El Gobierno Federal representado por la Secretaría de Educación Pública, la Secretaría de Agricultura, Ganadería, Desarrollo Rural, Pesca y Alimentación y el CONACYT.
• La Universidad Nacional Autónoma de México.
• El Instituto Politécnico Nacional
• Gobierno del Estado de Sonora.
• Gobierno del Estado de Sinaloa.
• Gobierno del Estado de Chihuahua.

MISIÓN: Ser un centro de reflexión crítica, multidisciplinario, articulado íntimamente a los problemas de la sociedad, generador de conocimiento útil, proactivo en la ciencia y la tecnología, y promotor de propuestas de solución en los temas de la alimentación y su vínculo con el desarrollo social y económico.

ESTRUCTURA ACADÉMICA: El CIAD está constituido por doce Coordinaciones de Área: 1) Coordinación de Nutrición, 2) Coordinación de Ciencia de los Alimentos, 3) Coordinación de Tecnología de Alimentos de Origen Vegetal, 4) Coordinación de Tecnología de Alimentos de Origen Animal, 5) Coordinación de Desarrollo Regional, 6) Coordinación de Acuicultura y Manejo Ambiental (Mazatlán, Sinaloa), 7) Coordinación de Ciencia y Tecnología de Productos Agrícolas para Zonas Tropicales y Subtropicales (Culiacán, Sinaloa), 8) Coordinación de Aseguramiento de Calidad y Aprovechamiento Sustentable de Recursos Naturales (Guaymas, Sonora), 9) Coordinación de Fisiología y Tecnología de Alimentos de la Zona Templada (Cd. Cuauhtémoc, Chihuahua), 10) Coordinación de Tecnología de Alimentos y Productos Lácteos (Delicias, Chihuahua), 11) Coordinación de Vinculación Social, y 12) Coordinación de Programas Académicos. De las doce Coordinaciones, siete se encuentran en la Ciudad de Hermosillo y cinco están ubicadas en diferentes puntos estratégicos del país. De ahí que los proyectos de investigación que se realizan se puedan agrupar de acuerdo a las siguientes áreas y líneas de investigación: